La faiblesse de l'écosystème récifale actuel découle de sa force: sa capacité à ériger une charpente rigide responsable de la diversité des milieux grâce au seul groupe écologique des coraux à symbiotes algaires. L'écosystème ne survivra qu'à la condition que ces coraux restent en bonne santé. Les facteurs menant à un déclin peuvent être divers: les ouragans qui affaiblissent et brisent la charpente corallienne; les maladies du corail, dont la fameuse "maladie blanche" qui résulte de la perte des symbiotes algaires dans le tissu corallien et dont on arrive mal à identifier la cause (dans certaines régions, on a nettement établi une relation entre le réchauffement de l'eau et cette maladie); la surpêche qui favorise la prolifération des algues en diminuant la population herbivore; les techniques de pêche sauvage à la dynamite ou au cyanure; la collection de spécimens pour les aquariums; l'euthrofication qui enrichit artificiellement le milieu récifal en matières nutritives d'origine industrielle ou agricole; l'apport excessif de sédiments venant des côtes relié, entre autres, à la déforestation et à une mauvaise utilisation des sols; la construction de grands complexes récréo-touristiques qui perturbent sérieusement le milieu et concentrent une population pas toujours respectueuse des règles de la nature.
L'écosystème récifal a été décimé à au moins deux reprises dans le passé et les deux fois il a mis plus de 100 Ma à se réimplanter. Il est pour le moment difficile de faire la part des choses entre les facteurs purement naturels et la contribution de l'Homme au déclin des récifs coralliens, mais il apparaît assez certain que les activités humaines y jouent un rôle qui risque d'être déterminant. Sommes-nous à l'aube d'une troisième décimation? Peut-être bien que dans plusieurs dizaines de millions d'années, des espèces ayant atteint un degré de conscience différent du nôtre feront-elles le constat que la troisième extinction de l'écosystème récifale a découlé des activités désordonnées de la première espèce de l'histoire de la Vie capable d'agir consciemment sur son environnement.