Le lac Jökulsárlón est un lac proglaciaire lié au retrait progressif de la langue Breiðarmerkurjökull du glacier Vatnajökull. Situé à moins de 2 km de la côte sud de l'île, il doit sa formation dans les années 1930 à la fonte accélérée du glacier dans cette région. Le volume d'eau de fonte formant le lac est retenu par une moraine frontale agissant comme un barrage. Après sa croissance, la langue Breiðarkmerkurjökull a donc stagné un certain temps avant de se retirer pour créer le lac. L'eau s'accumule directement au contact du front glaciaire, ce qui provoque le détachement de grands blocs de glace. C'est d'ailleurs le panorama offert par l'avancée de ces icebergs dans l'eau qui fait la réputation de ce lac auprès des touristes.
Situé à plus de 200 m sous le niveau de la mer, le fond du lac est le point le plus bas d'Islande. L'apport en sédiments provenant du glacier se jette majoritairement dans l'étendue d'eau et provoque ainsi un déficit en sédiments dans le sandur. Ceci cause des problèmes d'érosion et menace la route à proximité.
