Le bassin de Mývatn [Lac aux moucherons] était recouvert par une calotte glaciaire il y a 10 000 ans. Toute la glace a fondu suite à de l’activité volcanique importante dans la région. Puis, une éruption volcanique sous-glaciaire a généré une « table mountain » nommée « Moberg » situé au sud du Lac et le cratère de téphra « Ludent ».
Une autre période d’activité volcanique intense eut lieu 6000 ans plus tard, elle donna naissance au volcan Ketildyngja, situé à 25 km au sud-est du Mývatn. La coulée de lave éjectée du cratère a pris une orientation nord-ouest le long de la vallée de Laxardalur et a créé un lac improvisé de lave.
100 ans plus tard, une explosion volcanique le long de la même fissure créa le Hverfell, un cratère de téphra classique visible dans le paysage du lac Mývatn.
Du coup, le prochain 200 ans fut occupé d’activité volcanique le long de la côte est du Lac. Un flux constant de matériel coulait vers le Oxarfjordur. Le barrage mentionné précédemment a généré les côtes du présent lac. La période de temps entre les années 1724 et 1729 présente le début des éruptions de Leirhnjukur situé à proximité du Krafla. Il entra en éruption en 1984. Depuis les années 90, la chambre magmatique est remplie ce qui indique aux experts une éventuelle éruption.
L’éruption du Krafla en 1727 éjecta des coulées de lave le long des moraines et vers les rives du lac. Toutefois, la situation est devenue plus intense le 27 août 1729 lorsque la coulée de lave a pris la direction du village : plusieurs maisons, fermes et établissements ont été détruits, mais l’église fut épargnée et resta intacte. Plusieurs crurent à un miracle! Du coup, l’église fut reconstruite sur les fondations d’origines en 1876 et en 1962.
